A la llegada de los españoles se implanta una política de etnocidios. Para algunos estudiosos el Tawantinsuyo tenía 16 millones de habitantes y para otros 12. Luego de tres siglos de conquista quedaron 400 mil personas. Las causas de las muertes se deben a una política etnocida, como fue cambiar el sistema agrario por uno minero. La gente estaba obligada a trabajar en las minas, no teniendo ninguna condición de salubridad; se autorizó a los corregidores a hacer una especie de “saca”, donde se capturaba de cien en cien a los “indios” para llevarlos a los trabajos forzados en las minas. Otra manifestación del etnocidio ha sido los trabajos de obrajes y obrajillos, donde el “indio” permanecía atado al telar y estaba obligado a producir una cantidad de tela de bayeta. Si no cumplía la meta impuesta, el trabajador podía ser ejecutado.

Otra forma del genocidio se aplicó a través de los corregidores que tenían autorizado la matanza de acuerdo a parámetros establecidos por ellos mismos; si el “indio” no pagaba los productos de los “repartos”, el corregidor estaba autorizado a matar, siendo importante resaltar que este régimen era impositivo para el “indio”, pues se le hacía adquirir mercaderías o productos que a él no le interesaba, pero que el corregidor había comprado. Otra forma de genocidio fue el quitar las tierras a los ayllus; los pobladores originarios vieron reducidos sus hogares, viviendas o cultivos y las haciendas pasaban a manos de corregidores. Y los curas, aunque oficialmente no podían tener tierras, sí las tenían como otras autoridades españolas.

Túpac Amaru desciende del Inca Felipe Túpac Amaru (uno de los últimos incas de la resistencia de Vilcabamba), decapitado por el virrey Toledo. Los españoles no querían reconocerlo como tal y se coludieron con un capitán de la Compañía de Dragones de Cotabambas, Vicente García, casado con María Ladrón de Guevara, tercera nieta de Felipe Betancur. García alude que su esposa es la legítima heredera de Felipe, y por lo tanto le corresponde a ella el cacicazgo, las tierras y la herencia. José Gabriel reclama su título de Inca por ser su derecho como legítimo descendiente y por entender que le facilita el reconocimiento como guía, amauta y conductor de su pueblo, cuestión indispensable para liderar el proceso revolucionario. Pasa en Lima dos años tratando de lograr el reconocimiento, lamentablemente no lo alcanza. La historia oficial nos habla de Túpac Amaru II, craso error; esto se basa en el derecho español y la sucesión del trono, pero ocurre que la costumbre no es poner el número detrás del apellido, sino el nombre, así por ejemplo se denomina Carlos III o Carlos V, por lo tanto no podía haber Túpac Amaru II, porque es el apellido que corresponde a la panaca (linaje), de la cual es tributario José Gabriel.

Cuando estudiamos la historia se nos dice que Túpac Amaru fue descuartizado, su tronco quemado en cerro Picchu, las cenizas esparcidas al viento y sus extremidades distribuidas en cuatro partes, así como que su cabeza fue enviada a Tinta. De ahí no sabemos más. El obispo del Cusco Juan de Dios Moscoso y Peralta, fue acusado por los parientes del Corregidor Arriaga de ser un connotado tupacamarista; para fundamentar esta posición se escribe un documento titulado “Las dos caras de un obispo o la verdad oculta”, que obra en el Archivo de Indias (Legajo 1044). Los parientes de Arriaga que pretenden recuperar sus bienes o al menos ser indemnizados, dicen que el 26 de agosto se celebraron en el Convento de San Francisco del Cusco las exequias del Inca José Gabriel Túpac Amaru; acto religioso a cargo de Diego Cristóbal Túpac Amaru. Raphael José Sahuaraura Tito Atauchi, en su libro "El Estado del Perú” defiende al obispo del Cusco y dice que gracias a él se pacificó el país y que se vio obligado a devolver bienes incautados a sus propietarios; no especifica lo del cuerpo de Túpac Amaru pero tampoco lo niega. El monseñor del Cusco, Severo Aparicio, en su libro sobre la defensa de Moscoso y Peralta, dice que: “Moscoso manifiesta no haber asistido a las exequias del Inca por encontrarse en Urubamba”; o sea, señala no haber participado pero no desmiente que hayan existido las exequias. El Dr. Carlos Daniel Valcárcel muestra la carta dirigida por el visitador Areche al ministro Gálvez acusando al virrey Jáuregui, al Mariscal del Valle y al obispo Moscoso de debilidad por haber autorizado a Diego Cristóbal a recoger los cuerpos de José Gabriel haciendo un entierro solemne en todas las cruces de la parroquia. Igual documento es señalado por el Dr. Atilio Seviriche Tapia, Presidente de la Comisión del Bicentenario de Túpac Amaru.

Todos estos documentos permiten colegir que existe un gran derrotero para buscar los restos del Inca en el Convento de San Francisco del Cusco. El obispo Moscoso y Peralta, sabedor del peligro del apoyo que brindaban los ingleses a los rebeldes, trama una amnistía para pacificar el frente interno; dirige muchísimas misivas a Diego Cristóbal pidiéndole se acoja a la amnistía y así poder pacificar los virreinatos del Perú y Río La Plata. No queda otro camino para los españoles : devolver los bienes incautados a los revolucionarios, y, como símbolo de convencimiento y que ellos dicen la verdad, aceptar que Diego Cristóbal entierre los restos del Inca con los honores de Jefe de Estado. Debemos decir que una vez que se produjeron las exequias del Inca, Diego Cristóbal, a pesar de la oposición de Túpac Katari y Tomás Vilcapasa, acepta la amnistía y firma la paz de Sicuani.